Entretien avec Françoise Le Corre, restauratrice d’œuvres d’art et artiste

« Saisir l’art à l’œuvre »Jean Lauxerois (8) Valérie Morisson : Françoise Le Corre, vous êtes restauratrice d’œuvres d’art et galeriste à Dijon. Vous donnez également des cours d’histoire de l’art mais, en réalité, ce sont vos propres créations – presque secrètes – qui m’ont donné envie de mener cet entretien avec vous autant que vos activités plus publiques. Vos formes créatives, que vous nommez « maquettes », et que je décrirais volontiers comme de petits arrangements avec la réalité, des b..

Deep and Clear Optical Imaging of Thick Inhomogeneous Samples

Inhomogeneity in thick biological specimens results in poor imaging by light microscopy, which deteriorates as the focal plane moves deeper into the specimen. Here, we have combined selective plane illumination microscopy (SPIM) with wavefront sensor adaptive optics (wao). Our waoSPIM is based on a direct wavefront measure using a Hartmann-Shack wavefront sensor and fluorescent beads as point source emitters. We demonstrate the use of this waoSPIM method to correct distortions in three-dimensional biological imaging and to improve the quality of images from deep within thick inhomogeneous samples

The scale of population structure in Arabidopsis thaliana

The population structure of an organism reflects its evolutionary history and influences its evolutionary trajectory. It constrains the combination of genetic diversity and reveals patterns of past gene flow. Understanding it is a prerequisite for detecting genomic regions under selection, predicting the effect of population disturbances, or modeling gene flow. This paper examines the detailed global population structure of Arabidopsis thaliana. Using a set of 5,707 plants collected from around the globe and genotyped at 149 SNPs, we show that while A. thaliana as a species self-fertilizes 97% of the time, there is considerable variation among local groups. This level of outcrossing greatly limits observed heterozygosity but is sufficient to generate considerable local haplotypic diversity. We also find that in its native Eurasian range A. thaliana exhibits continuous isolation by distance at every geographic scale without natural breaks corresponding to classical notions of populations. By contrast, in North America, where it exists as an exotic species, A. thaliana exhibits little or no population structure at a continental scale but local isolation by distance that extends hundreds of km. This suggests a pattern for the development of isolation by distance that can establish itself shortly after an organism fills a new habitat range. It also raises questions about the general applicability of many standard population genetics models. Any model based on discrete clusters of interchangeable individuals will be an uneasy fit to organisms like A. thaliana which exhibit continuous isolation by distance on many scales

Pharmacogenetic assessment of toxicity and outcome in patients with metastatic colorectal cancer treated with LV5FU2, FOLFOX, and FOLFIRI: FFCD 2000-05

L’objectif de ce travail était la recherche de biomarqueurs moléculaires prédictifs de la tolérance et de l’efficacité des chimio– thérapies utilisées dans le colorectal (CCR) métastatique. Nous avons effectué le génotypage de 20 polymorphismes présents au sein de 9 gènes connus ou suspectés d’être impliqués dans la voie du 5FU, de l’oxaliplatine, ou de l’irinotécan, à partir de l’ADN extrait du sang de 346 patients traités dans le cadre d’un essai de phase III. Cet essai comparait une chimiothérapie séquentielle par 5FU (schéma LV5FU2) suivie d’une association 5FU plus oxali– platine (schéma FOLFOX) à une chimiothérapie combinée de type FOLFOX d’emblée en première ligne de traitement. Nous avons trouvé un risque de toxicité hématologique sévère sous FOLFOX significativement augmenté chez les patients porteurs de l’allèle ERCC2-K751QC. La présence de l’allèle TS-5’UTR3RG du gène de la thymidylate synthase était associée à un taux de réponse significativement plus élevé sous LV5FU2. Le taux de réponse au FOLFOX en 2e ligne était significativement supérieur chez les patients porteurs de l’allèle ERCC1-IVS3+74G, et chez ceux ayant au moins un allèle de GSTT1 présent. L’analyse prédictive a montré un effet dépendant du traitement de certains polymorphismes. En effet, une survie sans progression significativement allongée par l’ajout de l’oxaliplatine en 1re ligne a été observée uniquement chez les patients ayant un génotype TS-5’UTR2R/2R ou 2R/3R, suggérant l’absence de bénéfice d’une bithérapie par FOLFOX d’emblée en première ligne chez les patients TS-5’UTR3R/3R. Ces résultats montrent que l’étude des polymorphismes constitutionnels permettent de prédire non seulement la toxicité mais aussi l’efficacité des chimiothérapies antitumorales du cancer colorectal, et ainsi (sous réserve d’une validation sur une population indépendante) d’orienter la stratégie thérapeutique à l’échelle de l’individu

Development of Microsatellite Markers in the Branched Broomrape Phelipanche ramosa L. (Pomel) and Evidence for Host-Associated Genetic Divergence

Phelipanche ramosa is a parasitic plant that infects numerous crops worldwide. In Western Europe it recently expanded to a new host crop, oilseed rape, in which it can cause severe yield losses. We developed 13 microsatellite markers for P. ramosa using next-generation 454 sequencing data. The polymorphism at each locus was assessed in a sample of 96 individuals collected in France within 6 fields cultivated with tobacco, hemp or oilseed rape. Two loci were monomorphic. At the other 11 loci, the number of alleles and the expected heterozygosity ranged from 3 to 6 and from 0.31 to 0.60, respectively. Genetic diversity within each cultivated field was very low. The host crop from which individuals were collected was the key factor structuring genetic variation. Individuals collected on oilseed rape were strongly differentiated from individuals collected on hemp or tobacco, which suggests that P. ramosa infecting oilseed rape forms a genetically diverged race. The microsatellites we developed will be useful for population genetics studies and for elucidating host-associated genetic divergence in P. ramosa

Diversité intraspécifique et adaptation

Prod 2018-236p GESTAD SPE INRA pole EANational audienc

A la recherche des gènes de la précocité de floraison

National audienceLa date de floraison conditionne l'adaptation des plantes annuelles à leur environnement et demeure un critère important des programmes de sélection variétale. Grâce à l'avancée réalisée en génomique fonctionnelle chez Arabidopsis thaliana, l'identification de l'ensemble des gènes impliqués semble possible. Cependant, des interrogations subsistent sur le nombre et les effets des facteurs génétiques à l'origine de la variation naturelle de ce trai

A la recherche des gènes de la précocité de floraison

National audienceLa date de floraison conditionne l'adaptation des plantes annuelles à leur environnement et demeure un critère important des programmes de sélection variétale. Grâce à l'avancée réalisée en génomique fonctionnelle chez Arabidopsis thaliana, l'identification de l'ensemble des gènes impliqués semble possible. Cependant, des interrogations subsistent sur le nombre et les effets des facteurs génétiques à l'origine de la variation naturelle de ce trai

Résistances aux herbicides: cible et non-cible, une menace pour le désherbage d’automne des céréales ?

National audienceLa résistance aux herbicides peut évoluer via deux mécanismes: d’une part une résistance « liée à la cible », causée par une mutation et spécifique d’une famille herbicide, et, d’autre part, une résistance « non liée à la cible », moins spécifique, permettant par exemple une détoxication de diverses molécules. Des simulations montrent que l’évolution de résistance non-cible en réponse aux applications d’herbicides est très probable mais peut rester longtemps inaperçue car lente. En céréales d’hiver, le désherbage chimique des graminées est rendu problématique par l’évolution de résistance à la fois cible et non-cible aux herbicides de sortie d’hiver, ce qui impose un recours accru aux applications d’automne. Se pose alors la question du risque d’extension de la résistance non-cible à ceux-ci. Pour deux des herbicides concernés (prosulfocarbe et flufénacet), des tests sur semences ont été développés pour le Vulpin et l’Ivraie. Les résultats montrent que le risque de résistance biologique à ces substances est avéré dans les populations où des résistances non liées à la cible aux herbicides de sortie d’hiver sont présente

To resistance mechanisms and beyond: an evolutionary approach of herbicide resistance

International audienceThe diversity of herbicide resistance mechanisms observed today in weed populations is the result of a very rapid evolution in response to the selection pressure exerted by herbicide applications. Herbicide resistance is a dynamic process: weed populations are undoubtedly still continuing to evolve, so that the long-term outcome of herbicide selection is currently unpredictable. The vast majority of the studies addressing herbicide resistance published to date are focussed on the identification of mechanisms endowing resistance, with the applied aim to develop resistance diagnosis methods. Understanding resistance evolution is key to set up proactive weed management strategies that should integrate both herbicides and non-chemical tools, and elucidating the genetic bases of resistances is a prerequisite to understand the evolution of resistance. However, understanding the evolution of resistance requires to go beyond the mere identification of resistance genes, and to understand the processes driving herbicide resistance evolution in weed populations. This can only be achieved by addressing the evolutionary dynamics of resistance, and by implementing integrative modelling efforts with an aim to predict resistance evolution. This implies studying the probability of appearance or the initial frequency of resistance genes, the genetic architecture of resistance, its spread within and among weed populations as well as the associated pleiotropic effects (e.g. fitness cost) of resistance mechanisms. The evolutionary dynamics of herbicide resistance has rarely been addressed considering all these aspects. The interest of integrative evolutionary approaches of herbicide resistance will be illustrated using as an example the resistance case most intensely studied from the point of view of resistance evolution: resistance to ACCase inhibitors in grass weeds